सितंबर 2023 में ट्रूडो ने भारतीय एजेंसियों की “संभावित संलिप्तता” का आरोप लगाते हुए कहा था कि यह मुद्दा कनाडा के लिए चिंताजनक है। इस आरोप के बाद भारत ने इसे “बेतुका” करार देते हुए कनाडा से छह भारतीय अधिकारियों को वापस बुलाया और कनाडा में अपने उच्चायुक्त संजय वर्मा को भी वहां से हटा लिया। भारतीय विदेश मंत्रालय ने इस बात को दोहराया कि दोनों देशों के बीच मुख्य मुद्दा कनाडा में खुलेआम कार्यरत खालिस्तान समर्थक तत्वों का है, जिन्हें कनाडा की जमीन पर आजादी से काम करने दिया जा रहा है।